Kurikulum yang digunakan di pesantren Al Muttaqin adalah kurikulum mandiri yang bersumberkan dari kitab-kitab salaf. Dengan harapan, lulusan dari pesantren memahami dasar-dasar agama yang bersumber dari para salaf dan mampu mengamalkan dalam kehidupannya. Disamping kurikulum mandiri, pesantren Al Muttaqin bekerjasama dengan PKBM setempat juga memfasilitasi para santri yang menginginkan ijazah formal dengan mengikuti program belajar paket B dan C.